雄英高校入学篇
出生在“个性普及的第五世代”却是极少数“无个性”的绿谷出久，从小就崇拜象征和平的No.1英雄欧尔麦特。
然而体检结果宣告他“不会长出个性”，被同学尤其是青梅竹马爆豪胜己 / 大爆杀神Dynamight长期嘲笑和霸凌。
中学三年级某天，出久在街头遭遇“泥浆敌人”袭击，生命垂危时被欧尔麦特救下。
在追问下，欧尔麦特不慎露出消瘦“真身”，坦白自己几年前重伤，只能维持英雄形态数小时。
当逃走的泥浆敌人劫持爆豪时，周围职业英雄犹豫不前，
出久却在没有个性的情况下本能冲上去救人，这一举动打动欧尔麦特——他认定少年“有成为英雄的资质”。
欧尔麦特向出久透露自己“可转移的个性”ONE FOR ALL（OFA），并决定将其继承给出久。
历经十个月地狱般体能训练后，出久吞下象征性的一撮头发，正式成为OFA第九代继承者。
凭借还不适应的新力量，出久勉强通过雄英高校入学考试，进入英雄科1-A班。
班上还有推荐入学的天才冰火使轰焦冻、严谨的班长饭田天哉 / 英雄名：操作手册？→后继承“英杰（Ingenium）”、重力少女丽日御茶子 / 无重丽等人。
与此同时，以“死柄木吊 / 志村转弧”为首的新兴反派组织“敌人联合”也开始行动，目标直指象征和平的欧尔麦特。
USJ袭击事件篇
1-A班在灾害救助综合训练设施USJ进行实战课时，死柄木吊率领大量敌人入侵。
担任救援课教师的朗奇拉修与班主任抹消英雄·相泽消太（绰号：擦除头）英勇迎战，却被特制怪人“脑无”与传送个性者“黑雾”压制。
学生们被黑雾强行分散至不同灾难区，被迫单独应战。
绿谷在“水难区”与蛙吹梅雨、峰田实协力化解危机，饭田则以速度个性成功冲出设施，向校方报警。
欧尔麦特及时赶到，与“对欧尔麦特特化”的脑无激战并击败对方，但也因此燃尽体内残火。
最终，教师集结、敌人撤退，此战让雄英意识到“和平象征的时代正在崩塌”。
雄英体育祭篇
尽管遭遇袭击，雄英仍决定在加强安保后照常举行全国瞩目的“雄英体育祭”。
这是职业英雄挖掘新人、学生改变命运的黄金舞台。
体育祭分为障碍赛、骑马战、一对一淘汰赛等环节。
绿谷靠战术与胆量在障碍赛夺冠，却在骑马战上被轰焦冻针对，险些出局。
一对一比赛中，绿谷对阵背负“父亲阴影”的轰焦冻。
轰只使用右半身“冰结”个性，以此否定同为英雄的父亲No.2英雄“安德瓦”，拒绝动用左半身火焰。
绿谷不惜自毁双手，逼迫轰正视“火焰也是自己的力量”，喊出“这是你的个性，不是你父亲的！”
轰终于解开心结，双手同时爆发冰与火，二人全力碰撞，绿谷虽战败，却真正改变了同学的命运。
最终冠军由爆豪胜己获得，但因为轰未尽全力而感到“被轻视”，怒吼不止。
体育祭后的“实习指名情况”也由此发生巨大变化，绿谷等人获得前往各大事务所的机会。
保须市“英雄杀手”事件篇
在职业体验“实习”中，饭田天哉为追查重伤其兄长“英杰”的连环杀手斯坦因，私自行动前往保须市。
斯坦因信奉极端“英雄纯粹主义”，认为多数职业英雄本质是为名利而战，因此大肆屠杀他所认定的“伪英雄”。
绿谷、轰焦冻与饭田在小巷与斯坦因激战，三人合力方才将其制服。
斯坦因虽被捕，却在网络与舆论上掀起巨大风潮，他的极端思想在暗处影响了无数人——包括未来加入敌人联合的荼毘／轰灯矢与渡我被身子 / 多重人格血之女王。
林间合宿与神野之战篇
为加速学生成长，雄英提前在一年级暑假举办“林间合宿”，由英雄团队“荒野猫猫”负责地狱式训练。
敌人联合的“开辟行动队”突袭营地，目标是抓走“潜力巨大的学生”与“轰焦冻、爆豪胜己等人”。
爆豪胜己最终被敌人掳走，社会舆论将矛头指向雄英和英雄制度。
职业英雄与警方联手发动“神野区救出作战”，绿谷与部分同学也擅自参与，最终成功解救爆豪。
然而，幕后黑手All For One（AFO）亲自现身，与欧尔麦特在城市中央展开最终决战。
欧尔麦特燃尽最后残火，以“美国合众国·震撼一击”击败AFO，但也当众露出消瘦真身，正式宣布退休。
自此，“象征平和不再”的现实摊开在社会面前，治安与人心开始急速动摇。
仮免试与“英雄实习”篇
失去欧尔麦特庇护后，日本政府急需更多可靠英雄，于是提前安排一年级参加“职业英雄仮免许可”考试。
考试内容从对战转向“救援优先”，检验学生是否具备安抚民心与协调合作的能力。
绿谷等部分学生顺利取得仮免，但爆豪与轰因性格与协同问题落榜。
二人后来参加补考，从“照顾问题儿童”到面对充满偏见的小学生班级，逐步学会用沟通与同理去影响他人。
通过仮免后，学生可以在“英雄实习”中以接近真实英雄的身份参与作战。
绿谷在欧尔麦特昔日搭档奈特眼 / 佐佐木未来事务所实习，并卷入黑帮组织“死秽八斎会”与反个性子弹事件。
死秽八斎会与壊理救出篇
极道组织“死秽八斎会”若头大修 / 治崎廻（Overhaul）讨厌个性本身，企图通过解体与再组成人体的个性“Overhaul”，制造“粉碎个性因子的子弹”。
他利用拥有“时间回溯肉体能力”的小女孩壊理，不断解体她的身体来提炼子弹原料。
绿谷、通形未吏生（Mirio）、暴力虎鲸 / 逆俣空悟等人与警方联合突袭八斎会本部，展开地下迷宫战。
通形为保护壊理失去个性，奈特眼也在与大修的战斗中身负致命伤。
最终，绿谷在壊理“自动回溯个性”的辅助下，短暂以OFA 100%全开击败蛮神化的大修。
壊理被救出，死秽八斎会解体，大修与其部下被送往超级监狱“塔尔塔罗斯”。
奈特眼临终前预言被打破，证明“未来并非绝对不可改变”，也为OFA的宿命主题埋下伏笔。
文化祭与Gentle篇
在接连大案与媒体批判下，雄英其他科系压力巨大，学校决定举办“文化祭”安抚学生情绪。
1-A班为了让所有人“真心放松”，决定举办摇滚乐＋舞蹈表演，领队是音乐天才耳郎响香。
与此同时，失意中年犯罪视频UP主绅士犯罪者 Gentle Criminal与搭档拉布拉芙计划在文化祭当天潜入雄英，为自己“留下一笔传说”。
绿谷在校门外与Gentle一对一激战，以“怀揣梦想的滑坡中年”的心情为镜像，对其表示理解却也坚定阻止其破坏文化祭。
表演最终顺利举行，轰焦冻救出的壊理首次露出发自内心的笑容。
这一小篇温柔地提醒：英雄不仅要“打赢战斗”，也要“让人活得像人”。
高端脑无与No.1英雄安德瓦篇
欧尔麦特退休后，火焰英雄安德瓦 / 轰炎司正式成为排名第一的No.1英雄。
他与年轻天才鹰翼英雄·霍克斯 / 鹰见启悟在福冈并肩作战，却遭遇会说话、拥有多种个性的高端脑无。
安德瓦冒着生命危险，在市民注视下压制高端脑无，在半空中使出究极“烈焰拳·日冕燃烧”，拼尽全力获胜。
事后，他高举被火焰包裹的拳头，以全身伤痕宣告“新No.1的诞生”，民众在犹疑与敬畏中缓缓为他鼓掌。
这场战斗不仅确立了安德瓦“象征时代的继任者”地位，也将他迫使面对与家人、特别是轰冬美、轰灯矢（荼毘）之间的悲剧。
A/B班对抗联合战斗训练篇
为了提升实战经验，雄英安排英雄科1-A与1-B进行五场团队战对抗练习，并让心操人使作为转科候选参战。
1-B的众多新角色在此正式发光，包括：
小森希乃子 / 施蘑姬：蘑菇控，异能是“随处种蘑菇”，可在敌人体内长菇。
黑色支配 / “阴谋英雄”奈米碳管黑体：能融入任何黑色物体并操控它，战术性极高。
吹出漫我 / 漫画侠：能将拟声词具象化，字越大威力越强，脑洞型战士。
角取波妮 / Rocketti：可射出并遥控自己长角，当成飞行武器使用。
在第五场绿谷组对战B班时，OFA内部突然暴走，激发了前任继承者万绳大悟郎（英雄名：Lariat）的个性“黑鞭”。
自此OFA中“历史继承者的个性”陆续觉醒，绿谷必须在战斗中学会控制多个异能，OFA的真相也逐渐浮出水面。
敌人联合 vs 异能解放军篇
前代大反派四ツ桥主税（代号：Destro）曾领导“异能解放军”，宣扬“个性自由使用权”。
其子四ツ桥力也 / Re-Destro在现代继承父志，以企业“Detnerat”与政党“心求党”等合法外衣，秘密发展拥有十多万人规模的解放军。
他以轰焦冻哥哥荼毘／轰灯矢等人为诱饵，设下“泥花市再临祭”要一举歼灭敌人联合。
然而在长达数小时的极限战斗中，死柄木吊觉醒个性“崩坏”的大范围传染能力，一触即碎整座城市。
Re-Destro被这种“纯粹破坏意志”震慑，最终主动下跪宣布投降。
异能解放军全体并入，由死柄木担任总帅，组织改名为超常解放战线，敌人势力规模与武装能力暴涨到前所未有的程度。
冬季实习与全面战争预备篇
在公安与霍克斯潜伏情报的推动下，英雄方得知超常解放战线的据点与作战计划。
为即将到来的“总决战”，雄英将一年级再次推上实战前线，开启冬季大规模“英雄实习”。
绿谷、爆豪、轰共同前往安德瓦事务所修行：
绿谷练习在不伤害身体前提下释放OFA更高出力，
爆豪追求“零浪费移动”，
轰学习继承安德瓦的“灼热拳”真正意义。
与此同时，霍克斯以双面间谍身份潜入超常解放战线内部，
表面上迎合斯皮纳、渡我被身子等人的暴力言论，暗中搜集敌军兵力与脑无工厂位置。
超常解放战争篇（英雄全员出动）
在霍克斯与公安提供的情报支持下，职业英雄与警察发动总攻，分三路围剿超常解放战线。
战场主要分为三块：
1. 蛇腔综合医院：目标是医生壳木球大与正在改造强化中的死柄木。
这里隐藏着脑无制造设施，雄英老师抹消英雄·相泽消太与灵质 / 石山坚等人奋战脑无大军。
2. 群萤山荘：主攻部队由安德瓦、霍克斯、暴力虎鲸 / 逆俣空悟、冥黑英雄·常暗踏阴、耳郎响香等人组成，对抗本体AFO与残存干部。
3. 蛇腔市外围：各地英雄阻止解放战线干部与脑无向市区扩散。
尽管英雄先手突袭，壳木仍成功唤醒“完全体”死柄木，他在未完全适应身体情况下就能以崩坏横扫大片城区。
抹消头持续用个性“抹消”压制死柄木，但付出巨大代价；绿谷一度单独拖住死柄木，反复负伤。
战役结局是双方惨烈折损：
安德瓦重伤，声誉受荼毘曝光“家暴往事”严重打击；
霍克斯击杀两倍人 / 分倍河原仁（Twice）后被焚烧至重伤；
众多英雄牺牲或重伤引退，社会对英雄制度的信任急剧崩溃。
“黑暗德克”篇（终章·黑色英雄）
意识到AFO与死柄木真正目标是自己体内的OFA，绿谷决定“一个人离开雄英”，避免连累同伴与普通市民。
他与残存顶级英雄组成“移动扫荡队”，在废墟般的日本各地追捕越狱的“无期徒刑犯（脱狱者）”。
此时的绿谷浑身布满OFA黑鞭、烟幕、危险感知等多重个性，外形宛如怪物般的“黑色英雄”。
他白天夜晚不停战斗，体力与精神逼近极限，也逐渐与普通人产生深深隔阂。
在遭遇昔日公安王牌狙击手Lady Nagant / 筒美火伊那时，他以人格与理想打动早已厌弃英雄社会的她。
然而AFO在远程引爆她体内的“保命个性”，Nagant身受重伤，进一步证实AFO“将所有人当作道具”的恐怖。
最终，1-A全班同学集体出动，对抗“拒绝回家”的绿谷。
爆豪在雨中向绿谷道歉，承认自己过去的霸凌与妒忌，用“真正理解他的人”的身份挽回他。
绿谷在同伴泪水与拥抱中晕倒，被带回雄英，学校也转为要塞化避难所，等待最后决战。
最终决战与结局（漫画42卷完）
美国派遣No.1英雄Star and Stripe前来支援，却在与死柄木的战斗中壮烈牺牲。
她在临死前用自身个性“新秩序”对死柄木体内无数个性施加“反叛规则”，削弱了AFO一大部分力量，也为世界争取时间。
此后，英雄与学生在根津校长与抹消头等人的策划下，利用内通者青山优雅设伏，将AFO与死柄木分割到多个战场。
包括：
神野区Ground Zero：轰焦冻 vs 荼毘／轰灯矢，上演“赫灼热拳·燐”对“蓝焰地狱”的兄弟决战。
群讶山庄遗址：安德瓦、霍克斯、冥黑常暗、耳郎等围攻AFO本体。
天空要塞“雄英浮空棺”：绿谷与死柄木的最终对决。
以及港口战、雄英内部战等多个战线。
绿谷在OFA前任继承者们的协助下，逐步掌握包括“黑鞭、浮游、危险感知、烟幕、发劲、变速”等六种附属个性。
最终他通过“变速＋发劲”的极限运用，实现超越音速、扭曲物理常理的“伪100％连击”，在同伴协力掩护下，彻底将AFO与死柄木分离。
故事收束时，英雄制度经过重创与反思，以更透明、更重视民众的形式重建。
绿谷与1-A同学们无论留下怎样的伤痕，都继续在“成为各自心中理想的英雄”道路上前进。