传统上一般认为萧姓为宋公族萧叔大心（诛南宫长万有功，被分封于萧）之后。萧国灭亡后，其公族、国人由于国家被灭，而流寓鲁、宋、楚之间，尤以萧国故地及周边的丰沛、兰陵等地为多，从而奠定了早期萧姓的分布格局。
秦汉之际，中国进入广泛的姓氏启姓期，这一区域周边的平民，在择取姓氏时，也多有因地为氏而称萧氏者。见于史籍的早期萧姓人物，籍贯多集中于此附近。
（注：南北朝以前见诸史籍的萧氏家族，只有出于沛郡的萧何家族和出于兰陵的萧望之家族。汉书并未记载此二家族之间的关系，后世齐梁皇室将萧望之挂靠于萧何家族之下，应是出于抬高门第的攀附之举。其他载明籍贯的萧氏人物皆为孤例，且大多集中在今天的山东、河南、江苏三省交界的周边地区。）
汉晋之际，以萧何家族、萧望之家族为代表的萧氏已经由于任官等原因向各地播迁。西晋末年“永嘉之乱”后，士族大举渡江南迁。其中，萧整举家定居于南兰陵县（今常州武进）。其后人萧道成和萧衍分别建立了南齐和南梁两朝，奠定了兰陵萧氏的历史地位，显赫数朝，「与唐盛衰」。
根据分子人类学的研究，以庐陵萧氏为代表的南方萧姓历史悠久，自成一系，并不像传统叙事中所说的来自兰陵世系，更可能是因潇水得氏。从晚唐五代以后，中南地区逐渐成为了萧氏的分布重心，在宋代得到了长足的发展。随着「湖广填四川」的开始，萧姓开始大规模进入四川，成为四川的大姓之一。